Schau mal, was bei dir als letzte Zeilen in der ".htaccess" steht:
##-- no index.php
###### ACHTUNG FUER JTL-WAWI-CONNECTOR KONFIGURATION FOLGENDE 2 ZEILEN DEAKTIVIEREN
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /.*index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^(.*)index\.php$ /$1 [R=301,L]
Grüße
Torsten