Hallo Frank,
es gibt einige WaWis, die sich mit modified koppeln lassen. Zum direkt integrieren kenne ich keine.
Hier im Forum beliebt ist die JTL-WaWi aber auch oft gesehen Fakturama (der Anbieter von Fakturama ist hier als Mitglied angebmeldet). Neben den kleinen gehen aber auch die Platzhirsche. So hab ich auch schon gehört, dass jemand SAP angekoppelt hat.
Bei der WaWi ist eben neben den eigentlichen Funktionen auch das Grundkonzept wichtig. Wo liegt die WaWi - lokal, auf lokalem Server, auf Web Server. Alles hat seine Vor- und Nachteile, die ich hier gar nicht diskutieren möchte.
Ich habe letztlich für die paar Funktionen, die wir benötigen unseren Shop individuell für uns "aufgebohrt", so dass er die Funktionen erfüllt, die wir brauchen. Das macht aber nur bei kleinen Shops und wenig Ansprüchen Sinn. Zudem werden hierdurch Updates deutlich aufwändiger.
Viele Grüße
burrito
Edit: Zu langsam, Ottis B. war schneller