Ist eigentlich kein Hexenwerk. Einfach mal die index.html aus dem template genauer unter die Lupe nehmen.
Die Smarty-Aufrufe die für die Darstellung der Boxen zuständig sind findest du dort:
Linke Leiste:
<div id="leftcol">{$box_CATEGORIES}{$box_ADD_QUICKIE}{$box_CONTENT}{$box_INFORMATION}{$box_LAST_VIEWED}{$box_REVIEWS}{$box_SPECIALS}{$box_WHATSNEW}</div>
Rechte Leiste:
<div id="rightcol">{$box_CART}{$box_LOGIN}{$box_ADMIN}{$box_NEWSLETTER}{$box_BESTSELLERS}{$box_INFOBOX}{$box_CURRENCIES}{$box_MANUFACTURERS_INFO}{$box_MANUFACTURERS}</div>
Jeder der Aufrufe zwischen den geschweiften Klammern {...} ist für eine Box zuständig. Zum Entfernen nur den entsprechenden Aufruf löschen, Datei hochladen, schwupps ist die Box weg.
Einfach eine Sicherheitskopie der index.html machen und austesten.