Ich habe dein Anliegen nicht ganz verstanden.
Was ist "ein SEO-freundlicher Link", welche SEO-URLs benutzt du denn ?
Bei Nutzung der sich an Bord befindlichen SEO-URLs (seo_url_shopstat) wird ein Link nicht durch $current_category_id bestimmt, sondern die $current_category_id ist die Kategorie in welcher man sich gerade befindet, wie der Name der Variablen auch nahelegt.
Verlinke (! nicht duplizieren) das betroffene Produkt einfach in die gewünschte Kategorie und rufe es dort auf, dann hast du den gewünschten Link.
Bei Verlinkung eines Produktes in mehr als eine Kategorie wird ein Canonical-Link gebildet der immer gleich ist (Stichwort: Vermeidung von "double content"), bei Aufruf des Produktes in der URL jedoch nicht zum Tragen kommt, sondern lediglich im sog. canonical-tag im Quelltext sichtbar ist.
Gruß,
noRiddle