Danke für die Antworten, das Fördermitglied hat die Lösung gepostet. Verschiedene LVM's anlegen hat viele Vorteile und dann die Domain (Verzeichnisse) mounten. Man muß natürlich dafür das Linux-System selbst aufspielen. Das geht bei einem gehosteten Paket nicht. Deshalb spielt die apache-Version für diese Frage eine untergeordnete Rolle, dachte es gibt noch andere Möglichkeiten. Auch richtig, es ist ein Linux Problem, jedoch hat es direkt mit modified ecommerce zu tun. Es ging letzendlich um die optimale Partizionierung der Fesplatte mit einem modified ecommerce shop, so wurde es gelöst.
Bin auch immer froh, wenn ich von Ideen von anderen lernen kann. Nochmals vielen Dank für alle Antworten.