Da du ein Update gemacht hast, tippe ich stark darauf, dass du eine andere Template Datei für das Produktlisting bei den Unterkategorien hinterlegt hast, die im neuen Template nicht vorhanden ist.
Schau einfach mal in deinem alten 1.06-Shop Template-Ordner unter templates/DEIN_TEMPLATE/module/product_listing, ob da mehr als eine Datei hinterlegt sind und wie die Dateien dort heißen. Hast du dort mehrere Dateien, so kopiere im neuen Template die original product_listing_v1.html und benenne diese wie die im alten Template verwendeten Dateien und lade diese in deinen neuen Shop ins templates/DEIN_TEMPLATE/module/product_listing hoch.
Sollte das nicht helfen, schau auch nochmal im alten 1.06-Shop Template-Ordner unter templates/DEIN_TEMPLATE/module/categorie_listing, ob da vielleicht mehrere Dateien hinterlegt sind.
BG kgd