Lege eine zweite Datenbank auf dem gleichen Server (und mit dem gleichen Benutzer) an. Dort das 2. Backup wieder herstellen.
Nun kannst Du die fehlenden Daten per SQL sehr schön eingrenzen und rüberholen.
Beispiel:
INSERT INTO db1.customers SELECT * FROM db2.customers WHERE db2.customers_id > 30
Das brauchst Du mindestens für customers, customers_info und addressbook für die Kunden, orders, orders_products, orders_total, orders_status_history.
Eventuell kommen noch ein paar Sachen dazu, falls Du mit Attributen und ähnlichen Optionen arbeitest.