Moin Gio,
eine Möglichkeit wäre es "einfach" die komplette Datenbank zu sichern, diese auf die neuste Version zu aktualisieren und dann die Neuinstallation (v1.0.6 r4642 SP2) mit der aktualisierten Datenbank arbeiten lassen. So kannst du alle Kategorien, Artikel, Kunden, Bestellungen, Einstellungen, ... behalten.
Im Anhang ein SQL-Script mit dem ich "neulich" die Datenbank eines alten 1.0.5er Shop auf die neuste Version aktualisiert habe. Die Verwendung ist ohne Gewähr, Backup nie vergessen!
Besten Gruß,
Timo