Welche Shopversion hast du ?
Falls älter als 1.06: Kann es sein, das du eine .unterverzeichnis.htaccess umbenannt hattest, als du den Shop auf die Subdomain gesetzt hast, und jetzt wo der Shop wieder im Hauptverzeichnis liegen soll vergessen hast wieder die alte .htaccess zu nehmen ?
Ab 1.06 gibts dann nur eine htaccess für alles, auch hier musst du schauen was da bei Subdomain steht und ob es mit Raute # auskommentiert ist.