in der Regel sind heruntergeladene Dinge schon genauso strukturiert wie der Shop.
Einfach mal entpacken und reingucken. Ist dort zum Beispiel ein Ordner admin, darin ein Ordner includes, und darin eine Datei beispiel.php, dann muss diese auch im Shop in den Ordner admin/includes.
#edit: hab jetzt mal kurz reinguckt: es gibt einen Ordner "new Files", das sind Dateien die einfach nur hochgeladen werden (ohne den Ordner "New Files" selbst natürlich).
Und es gibt einen Ordner "changed Files". Diesen solltest du nicht hochladen sondern nur die Schritte vornehmen die in der install.txt stehen.
Gruß
Karsten