Das ist aber doch kein Problem mit den MySQL-Meldungen, man muß die nur verstehen und dann entsprechend handeln.
Ich weiß ja nicht um wie viele Artikel es sich handelt und die Arbeit diese neu anzulegen vielleicht vertretbar ist, ich halte es jedoch für unnötig.
Ehrlichgesagt mache ich die Updates (die Inhalte aller Dateien in _installer/updates/) immer händisch, damit ich sofort sehe was Sache ist und entscheiden kann was weiter zu tun ist.
In deinem Fall, vom alten 3.0.4 SP2.1 (ist doch ein SP2.1 ?) updaten zu müssen, ist es bei nicht vielen Artikeln evtl. wirklich weniger aufwändig sie neu anzulegen.
Gruß,
noRiddle
*NACHTRAG*
Ach, und ich vermute, daß der alte Shop noch auf ISO-8859-15 o.Ä. lief. Nach Update solltest du auf UTF-8 gehen, wozu es im Forum Anleitungen gibt, inkl. eines Skriptes welches die Datenbank konvertiert.