Vorab: "Dringend Hilfe benötigt !!!" ist kein brauchbarer Betreff.
[...]
Aber nun wird alles links bündig angezeigt [...]
Im neuen Shop setzt die thickbox.css margin und padding zurück, was daz führt, dass das veraltete Attribut align="center" nicht mehr funktioniert. Wie es trotzdem geht hast du ja im Footer schon gemacht. Der obersten Tabelle
margin: 0 auto;
geben.
An dieser Stelle sei mir die Bemerkung erlaubt, dass ich es nicht verstehen kann, wieso man das Shopsystem wechselt aber beim Template diesen veralteten Tabellenrotz weiter mit sich rumschleppt.
[...] und eine komische Fehlermeldung kommt in einer Box im rechten Navi.
[...]
Klär doch mal, welche Box das ist. Laut deinem alten Shop können das ja mehrere sein.