Sorry, ich habe mich verschrieben, "werden diese zwar nicht in der Kategorie angezeigt" sollte heißen, "werden diese zwar noch in der Kategorie angezeigt".
Das Problem ist, dass wenn ich einen Artikel aus einer Kategorie auf die Startseite verlinkte ist dieser in der CSV-Datei keiner Kategorie mehr zugeordnet auch wenn er dort im Shop noch vorhanden ist.