Ich stehe demnächst auch vor diesem Problem. Hier mein Plan: Modified im eigenen Ordner anlegen und eine Subdomain darauf zeigen lassen, Datenbank aus Produkttivshop nach modified kopieren, Datenbankupdate, testen, testen, testen und dann irgendwann nachts die Shopdomain auf Modified legen, configure Dateien in Modified auf die originale Shopdatenbank umbiegen, Datenbankupdate.
Mit JTL bin ich noch nicht ganz klar, werde aber wohl einen weiteren Mandanten für Modified anlegen und bei der Migration die Rechnungsnummern usw. an den alten anpassen.