zu 1)
Ich kenn das Modul nicht, aber das
{$TEMPLATE_SWITCHER}
sollst du doch in der index.html an der gewünschten Stelle eintragen. Da kannst du mit css nichts machen, wenn du es nicht dem richtigen Bereich zuordnest. Im Moment scheint es als letztes im Teil
<div id="layout_logo">
zu stehen. Das musst du in die weiter oben angezeigten div-Bereiche packen.
Nur wenn es in der Adminleiste oben steht, dann wird es den Kunden nicht angezeigt, weil nur du die siehst, wenn du als Admin eingeloggt bist. Wenn das nur für dich ist, dann wird man das wahrscheinlich da reinpacken können.
zu 2)
Du kannst das Template im Templateordner auch umbennen zu meintemplate oder Template1 etc, wie du es haben möchtest.